Управлением Роспотребнадзора проводилась реализация мероприятий 9 проектов ведомственных целевых программ (ВЦП):  - «Профилактика инфекционных и паразитарных заболеваний (Стоп инфекция)»; - «Совершенствование профилактики, усиление мер по предупреждению распространения ВИЧ-инфекции и СПИДа в Карачаево-Черкесской Республике (СПИДу нет)»; - «Модернизация и обеспечение деятельности системы государственного санитарно-эпидемиологического надзора в Карачаево-Черкесской Республике (Санитарный щит)»; - «Профилактика массовых неинфекционных заболеваний, обусловленных влиянием факторов среды обитания человека (Гигиена и здоровье)»; - «Совершенствование и обеспечение деятельности в сфере защиты прав потребителей в Карачаево-Черкесской Республике»; - «Организация и проведение социально-гигиенического мониторинга (Соцгигмониторинг)»; - «Обеспечение функционирования системы государственного регулирования деятельности в области использования источников ионизирующего излучения и деятельности, связанной с использованием возбудителей инфекционных заболеваний в Карачаево-Черкесской Республике (Лицензирование для здоровья)»; - «Модернизация и обеспечение функционирования системы предупреждения вредного влияния факторов среды обитания на здоровье населения в Карачаево-Черкесской Республике (Регистрация для здоровья)»; - «Санитарная охрана территории Карачаево-Черкесской Республики (Санохрана)».